顺治元年，清军入关，裁掉明朝诸卫所，在盛京地区设立八旗驻防官兵驻守。看似不一样的体制，实际上与明朝卫所制度异曲同工，皆以军政为主。当然，这与清初盛京地区人烟稀少有密切关系。明清鼎革，战火纷飞，辽西地区人口大量流失，有的外乡避祸，有的逃入关内，有的被后金掳走，有的则死于战争。顺治入关时又带走大批辽西人员、八旗兵丁及家属，以至于辽西地区野无农夫、路无商贾、地广人稀、生计凋敝。
一、宁远州的建立
顺治十三年还未恢复往日繁华，路过此地的燕行使者这样记录:历曲尺河堡，毁城，人民只二三家居之。暮投东关驿城，北荒坡有古塔，毁城傍虽有流民十余户家，甚窄陋。历连山驿，毁城，有十数人家。历双水堡，毁城傍有流民数户。暮投宁远卫，从罗城远安门、子城春和门入，馆于千总家，门皆城东，家即昔日总兵第也。呈下程，子城周遭比广宁稍大，东南罗城几尽颓毁，人民不多。
可以看出，此时宁远地区的堡城、驿城皆毁，人民较少，呈现荒凉之景，加之八旗驻防的建立，由佐领兼管民人，实无建立州县管理的必要。
但包括宁远在内的荒凉景象，既不利于东北地区的巩固和统治，也与其龙兴之地位实不相称。从顺治初年开始，为了重新恢复辽东乃至整个东北地区的经济发展，清廷就曾下令移民招垦，鼓励关内汉族人员出关开垦土地。并将州县衙所拥有的荒地，无主地分给流民及官兵屯种，有主者令原主开垦。
随后顺治十年议准：“辽东招民开垦，有能招至一百名者，文授知县，武授守备。百名以下六十名以上者，文授州同、州判，武授千总。五十名以上者，文授县丞、主簿，武授百总。招名数多者，每百名加一级”。此后更是陆续颁布各种招募移民的优惠政策。
作为山海关外第一站，宁远地区成为出关开垦人员首要落脚之地，除响应号召出关的人外，还有许多流放的犯人进入辽东，使得人口数量增加，这些人员逐渐安定下来，发展生产。
此时辽阳、海城二县已经设立，这亦是清代东北地区设立州县管理的开始。而宁远地区虽然人民凑集，但依然以佐领管辖众人。因而同年十二月，奉天府尹张尚贤向清政府建议“河西锦州、广宁、宁远地方，有佐领一员协管，或属永平、或属奉天，其间流民甚多，入籍甚少，应改为州县，收募为民”。
张尚贤的上奏说明，在顺治十八年时，锦州、广宁、宁远地方设州县之前，民人由永平、奉天府管理。
康熙元年，清廷“改锦州为锦县，设知县、典史各一员，隶奉天府，其宁远县人民，暂归锦县管理”。材料中的宁远县应该就是宁远地区，因而此时宁远地区的民人由新设宁远县暂管。
随后不到一年，清政府在宁远地区正式设立州治，《宁远州志》记载“国朝康熙二年，改为州，东割塔山所地入锦县，西并前屯卫入州，三年，隶广宁府；四年，改属锦州府”。宁远州的设立标志着民人管理体制的正式建立。
关于宁远州建立时间，前引《宁远州志》，康熙二年改立州治。而（康熙）《盛京通志》记载：“康熙三年四月改宁远城为州”。
再者，《清实录》记载：康熙三年六月“甲午，添设奉天府府丞、治中、通判、推官，设承德、开原、铁岭三县，改辽阳县为州，并海城、盖平属奉天府。改广宁为府，添设通判、推官、经历。设广宁县、宁远州、并锦县属广宁府。俱令奉天府府尹管辖”。三则史料进行对比，宁远州建立时间应为康熙三年。
再者，据史料记载，宁远州第一任知州是康熙三年四月设，因而《盛京通志》记载时间更为准确。宁远州建立后先属广宁府管辖，后清政府裁广宁府，改设锦州府，宁远州又属锦州府管辖，锦州府又属奉天府尹管辖，所以初步形成奉天府、锦州府、宁远州三级行政隶属关系。
二、宁远州职官设置
1.知州、吏目
州县政府是地方的基层行政单位，一般而言，州的长官称为知州。宁远州建立后，首先设“知州一员，康熙三年四月设”。虽然知州在清代整体行政体系中的地位相对较低，但是知州负责一州之政务，在管理地方事务时扮演着十分重要的角色。宁远州知州对上服从上级行政官员的命令，执行常规性的行政命令，对下又有实际决策权，责任重大。
康雍乾三朝，宁远州曾先后经历三十多位知州，分别由汉军旗人、满军旗人，通过科举考试的贡生、进士担任。宁远州成立之初，是由旗人担任，这与宁远州刚刚成立有关，由于宁远州旗民官员同驻一城，开始由旗人担任知州，有利于更好的沟通工作、稳定地方。之后，亦是旗民交错任职，没有固定规律。
知州任职时间长短并不同，短则任职一年、两年或三年，长则五年左右，时间皆不是很长，有时更换频繁。这与宁远州特殊的地理位置及复杂的社会情况密切相关。所以，宁远州知州的选拔非常重要，并不是随意任命的，需要符合一定条件。
乾隆三十五年，雅德上奏：“奴才等伏查宁远州一缺，界连山海关，路当孔道，福员辽阔，旗民杂处，事务殷繁，系四项相兼要缺，必须熟悉风土人情、才猷练达之员方可胜任。奴才等于通省州县内详加遴选，非现居要缺，即人地未甚，实难其选。惟查有承德县知县德克精额，年四十四岁，镶黄旗满洲永安佐领下人……办事练选，在奉十年，风土人情俱属谙悉，以之升署宁远州知州堪属胜任”。
从雅德上奏的信息来看，宁远州知州的人选非常谨慎，不仅才猷练达，经验丰富，还需要熟知该地的风土人情，从侧面显示出宁远州一缺的重要性。
知州作为基层长官，负责一州之政务。《清史稿》记载：“知县掌一县治理，决讼断辟，劝农赈贫，讨猾除奸，兴养立教。凡贡士、读法、养老、祀神，靡所不综”。
虽然材料记载的是知县，但知州也存在以上职能，概括来说就是管理刑名案件、征收赋税、维护社会治安、教化百姓等。如果在任职期间没有承担起职责，即被革职或调离。例如咸丰九年，由于山海关被劫，宁远州作为所经过的地方，没有进行有效防护，官员受到处罚。
在宁远州衙门内还设典吏十名，分别为“吏房典吏一名、户房典吏二名、礼房典吏一名、兵房典吏二名、刑房典吏二名、工房典吏一名、仓房典吏一名”，负责州衙门的日常事务。宁远城内设有州署，位于“鼓楼东北街路北，大门三间，仪门一间，两角门，大堂五间，东书房四间，马房一间，二堂五间，东西厢房六间，耳房二间，东厨房三间，住房三间，西院厨房一间，家人住房八间。大门内东土地神祠，西羁侯所，康熙三年，工部发给二十四间”。
除知州外，宁远州还设“吏目一员，康熙三年四月设”。吏目掌管刑名的低级官员，吏目衙门设“攒典一名”，协助吏目工作。宁远州吏目基本没有选择旗人担任，皆是吏员考职或低级功名之人，并且没有特别情况时，任职期限较长。康雍乾三朝，吏目的任职人员远远少于知州人数，第一任吏目陈邦基任职达12年之久，当然这也与吏目的权责远远小于知州有关，更多承担辅助知州办公的责任有关。
在行政管理体系逐步完善的同时，清廷也重视教育的发展，设“学正一员，康熙二十二年十一月添”，学正衙门设“攒典一名”，共同负责教育与学政，儒学公署未设。其实早在明朝时，宁远卫就曾建立卫儒学，宣德五年，都指挥刘斌始建庙学。景泰四年，都督焦礼与同事诸人捐资重建，开启宁远地区开办教育的先河。作为边疆要地，军事斗争的压力很大，经济方面较为薄弱，因此与中原相比教育水平相对落后。教育体系的逐渐完备，促进了宁远地区文化发展。
2、巡检、州判
宁远州除设知州、吏目及学正外，还设有巡检。《钦定盛京通志》记载：“康熙设宁远、广宁、中后所巡检三员，四年改并中后所一员”。一开始在宁远、广宁和中后所分别设巡检一员，在康熙四年时合并一员，设于中后所。宁远州巡检司署旧址在“南门内，康熙三年设，房八间”。后随巡检的合并，巡检司署“移中后所衙署”。所以此时宁远地区只剩一名巡检，设于中后所。中后所巡检衙门还设“攒典一名”，与巡检共同处理事务。
总结
随着宁远地区发展，中后所地方人员辐靡，甚至倍于州治。再者，中后所在地当孔道，旗民杂处，又山海关外地域辽阔，遇有人命等事亦非巡检卫员所能管理。所以面对以上情况，乾隆三年，工部屯田司郎中王雅图奏请于宁远州设“州同或州判一员，即在中后所建立衙署，分驻弹压”。
经过酌商，清政府谕令于“乾隆四年，中后所添设州判一员，巡检移驻中前所”。由于新设州判驻扎一方，一切审验事件俱令就近办理，文移往来关系綦重，非同城的佐贰官可比，因此，奉天府府尹又题请：“颁给关防，以昭信守，其印文谨拟为‘宁远州中后所州判’字样，其原驻中后所巡检既移中前所，亦未便仍用原颁印信，应请改铸印信颁给其印，文谨拟为‘宁远州中前所字样’。”