大宁都司内迁导致的地理真空
建文元年（年），靖难之役起。燕王朱棣在发动“靖难之役”前，为防止宁王包抄他的后路，起兵袭陷大宁，挟宁王朱权及诸军归。
关于大宁都司内迁的原因，学界观点不一。在明代有些史籍中认为是兀良哈的泰宁、朵颜、福余三卫在靖难兵变中，追随燕王朱棣作战有功，明成祖朱棣以大宁都司诸卫之地与之（此说见于《抚安东夷记》、《吾学编》、《三卫考》、《四夷考》、《明史》、《读史方舆纪要》等书记载）。其中，《明史纪事本末》指出自朱棣为了解除后顾之忧，奔袭宁藩，威胁宁王附归，“尽拔降骑还北平”；《明史》指出，朱棣当时直趋大宁，劫走宁王及其家属，收其精锐，尤以朵颜三卫最为骁勇善战。朱棣登基后弃守大宁，实为酬庸兀良哈三卫助己夺位。
在现代的明史研究中，也有类似说法，例如年1月民族出版社出版的《蒙古族通史》就认为“朱棣在发动“靖难之役”前，借助兀良哈三卫蒙古人的支持，挫败了镇守大宁卫（今内蒙古赤峰市宁城县）的宁王朱权。后来他又向兀良哈三卫借用三千名精兵，作为其“靖难军”的骨干。年，朱棣即皇帝位后，为了酬谢“从战有功”的兀良哈三卫蒙古人，决定把大宁卫（今河北省承德市、平泉县、建昌县及老哈河流域）割让给他们。同时，他还封三卫领主以都督、指挥、千户和百户等职；决定在开原、广宁两地开设互市，使兀良哈三卫蒙古人和明朝进行交易活动。”
不过，这一观点也遭到很多学者的质疑，他们认为朱棣当时是为了保证北平的安全，并着重巩固保定的防守力量，故将北平行都司内徙至保定。
更有观点进一步认为，在建文帝时期，由于朱棣发动“靖难之役”，无暇东北边务，且重心在用兵南方，所以尽抽大宁兵力，使得大宁都司下辖诸卫战力大损，原本驻所的人员、补给严重不足，难再担负守边的责任，导致兀良哈三卫趁着明政府困于内乱的机会，开始逐渐向南进展，几乎恢复了独立的姿态。这一观点说明，当时兀良哈三卫已经在大宁附近进行活动了。不过，根据《明史》卷四十中的记载，景泰年间，三卫曾乞居大宁废城，“不许，令去塞二百里外居住”，也就是说，兀良哈三卫在大宁一带的活动是非法的，明朝政府是不允许三卫的蒙古人南迁到大宁地区驻牧，仍然要他们回到潢水以北地区。
面对觊觎南下的兀良哈部，朱棣在永乐年间采取军事打击与政治怀柔相结合的政策，一方面采取多种策略，招抚兀良哈各部，同时接受瓦剌、鞑靼的朝贡，并赐予其领主封号。另一方面，对于不服从明朝中央政府的蒙古部落，他采用军事征服，曾先后五次亲征漠北。
不仅如此，朱棣即位后，还开始着手经略边防，并命兵部复议大宁、营州、兴州三卫，制订各种办法，试图恢复屯田制，修复各卫所的生产，但为时已晚。《明太宗实录》中记载，朱棣遂以“以大宁兵戈之后，民物凋耗”为由，封徙宁王于南昌。
朱棣此举，一方面是迫于大宁卫的现实所采取的应对之策，另一方面其实也是为了进一步的削藩。把大宁诸卫屯于京师周围，强化北京周围的军事配置，建设新的政治军事中心，再将谷王、宁王、代王等人改封他处，削弱边塞藩王实力。但这实际上破坏了朱元璋广建诸藩、以镇北疆之策，导致明北边防线内缩。对此，有学界研究观点认为，明代边防之坏，始于永乐元年（年）内徙北平行都司。
朱棣将北平行都司迁往保定，又将其名称改回大宁都司之称，根据郭红的《大宁都司建置沿革考实》一文所述考证，在永乐元年大宁都司（北平行都司）内徙后，其所辖隶的会州卫也移至北平，新城卫罢废，营州中、左、右、前、后屯卫仍隶属大宁都司，随之内徙至北平以东的顺义、蓟州、平谷、香河、三河等地。兴州中、左、右、前、后屯卫也随之内徙，但是不再隶属于大宁都司。富峪卫也徙置京师，全宁卫则罢废，营州三护卫同样内徙，不再隶属于大宁都司。富峪守御千户所、宽河守御千户所仍隶属于大宁都司。
这次内迁大宁都司，弃守大宁地区使明朝防线内缩，辽东与宣府、大同声援阻绝。
大宁都司内迁的连锁效应
永乐元年（年），大宁都司内迁保定，使得兀良哈部得以有机会占据大宁原址，导致辽东、宣府无法联络，也让北京以北、西、东三边防卫出现漏洞。这仅仅是明朝北边防务衰退的开始，这种内迁危机是一种持续的连锁反应。
首先，是明政府其他北部屯卫的内迁废弃。永乐元年（年），朱棣以东胜卫孤远难守为由，分调左、右卫所于卢龙、遵化，东胜卫遂遭废弃，再无经营可言。开平卫同样亦是如此，永乐初开始内迁，到宣德五年（年），因蒙古犯边，永宁卫守将弃逃宣府，宣德皇帝朱瞻基派薛禄筑永宁卫五堡（团山、赤城、雕鹗、云州、独石），以便守御，但因开平、赤城破败，无法供给永宁卫，只好将开平卫南徙于独石堡，这就等于放弃漠南蒙古的经营，使得北京城时刻暴露于蒙古势力的威胁之下。相对洪武时期，永乐、宣德年间，其前线从空间上后退了三百多里，从而导致了明朝国防上的缺陷性。
正统朝以后，宣府、大同，成为最前线的军事要塞，外长城成为第一防线，一旦宣府军士无法挡下蒙古骑兵，蒙古骑兵便可从居庸关长驱直入。同样，在北京以西的地区，本可依赖大同镇，但自兴和守御千户所与开平卫内移后，大同镇失去了东北方的屏障，再加上东胜卫内移后，大同的西北方出现漏洞。在东北、西北屏障皆失之下，大同如同孤城。
其次，对于兀良哈部的羁縻政策。在这种主动收缩防线局面下，朱棣为了再度羁縻兀良哈部，先采取怀柔的方法，遣使招抚，也取得了一定的成功。
东北作为边陲疆土和多民族聚居地，为了加强对黑龙江中上游地区各族部落的管理，明朝政府在这一地区设置了许多羁縻卫所，永乐七年（年），朱棣设立奴尔干都司，管辖泰宁、朵颜、福余三卫以及其他羁縻卫所。在黑龙江中上游地区，从永乐年间到正统年间，明政府先后设立了乞塔河卫、古里河卫、野儿定河卫、脱木河卫、兀里溪山河卫、出万山河卫及阿刺山卫等卫所。
虽然明廷态度如此，但对于兀良哈三卫各部来说，为了获得大宁地区的驻牧权，其时叛时附，并同蒙古阿速特部的阿鲁台（鞑靼领导人），经常联兵进攻明朝。朱棣在攻打阿鲁台时，曾率军队打击支持阿鲁台的兀良哈三卫，兀良哈部虽受到惨重的伤亡，但并没有完全被消灭，只能说被明军暂时压制住了。而且朱棣一生中的五次北伐，虽然声势浩大，但与洪武时期相比，既没有擒获鞑靼、瓦剌各部的核心领导人物，没有从战略上将蒙古各部击败。
朱棣死后，停止了对北方的远征，蒙古各部得到休养的机会，逐渐南下入侵。洪熙年间，曾有大臣建议将东胜、高山等10卫所迁回故地，修堡屯兵，可惜朱高炽只有老成之相，并无安边拓疆之大志，未予采纳。这个时期的兀良哈虽然偶有犯边，但仍对明朝称臣纳贡。
在宣德、正统年间，就是从—年期间，兀良哈三卫大举南迁，其主体部分已逐渐由原驻牧地迁至接近经济、文化较发达的辽东汉族地区的辽河流域，并逐渐南迁至长城脚下，不时骚扰，让明政府顾此失彼，疲于奔命。
宣德初，兀良哈部南下的节奏已经到了能在蓟州镇附近的滦河河畔放马游牧了，但宣德皇帝采取守成之治，不愿开战，只是一味地告诫，并设置了万全都司，提高宣府的防御力，弥补开平卫内徙至后独石堡的缺口。在明宣宗末年和明英宗初年，即年至年期间，明朝边防松驰，御警薄弱。兀良哈三卫从西拉木伦河到辽河流域全面展开攻势，向南推进。在“土木之变”后，明朝的皇帝基本不再采远征策略，要么是采取抚绥策略，让兀良哈三卫得以游移于潢水、大宁一带，再就是自己只能在蓟州、密云后卫、隆庆卫、开平卫等地派驻重兵，以防兀良哈三卫叛乱。
历史地位
大宁都司诸卫在长城以北，护卫京师，保障了塞内安全，并兼控辽东及开平。如果当初永乐皇帝一直在此经营卫所，加强军事力量，到了宣德年间以后，明朝北边防务将会是另一种局面，不至于蒙古兵马突入长城，威胁京师。永乐年间，大宁都司及诸卫内迁，虽使明帝国长城以南防守力量增强，但塞外险要几近丧失，北京及直隶地区只剩下了长城防线，使得明洪武年间的内边变成了外边。特别是刚开始接受羁縻统治的兀良哈三卫，在明、蒙之间一直是随风倒的状态，在“土木之变”后，逐渐与入侵的蒙古各部相勾结。明朝设置的开平卫徙往独石，东胜内移，河套失守，偏头、宁武、雁门外三关独当其冲，成为重险，正统十四年后，整个华北外边防线就只有长城了。